Filmde Rami Malek, Charlie Heller adında zeki ancak içine kapanık bir deşifre uzmanını canlandırıyor. Langley’deki CIA merkezi binasında bodrum katındaki ofisinde çalışan Heller’ın hayatı, Londra’daki bir terörist saldırısında karısının öldürülmesinin ardından altüst olur. Yetkililerin harekete geçmeyi reddetmesi üzerine, Charlie işleri kendi eline alır ve sorumluları bulmak için tehlikeli bir yolculuğa çıkar. Zekası, peşinden koşanlardan kaçmak ve intikamını almak için en güçlü silahı olacaktır.

Film, Superman'ın Kriptonlu mirasını insanlık ile nasıl birleştirdiği ve dünyaya nasıl ilham verdiği üzerine odaklanıyor. Clark Kent/Superman'in, yabancı kökenini insan ailesiyle uyumlu hale getirme yolculuğu, filmin merkezinde yer alıyor. Clark Kent'in İç Savaşları: Superman, hem bir insan hem de bir uzaylı olarak yaşadığı karmaşık duyguları ve kimlik sorunlarıyla mücadele ediyor. Bu film, DC Evreni için yeni bir sayfa açıyor. Daha önceki filmlerdeki bazı unsurlar yeniden yorumlanırken, yeni karakterler ve hikayeler de ekleniyor.

İngiliz bir iş adamı sürekli olarak uluslar arası ticaretler yapmaktadır. Adı neredeyse herkes tarafından bilinmeye başlamış ve artık hükumetler tarafından desteklenmiştir. Küçük ülkelerin yatırımcı gözüyle gördüğü bu kişi aslında Amerika üzerinden birçok ülkeyi himayesi altına alıyordur. CIA sürekli olarak Küba desteği alan ve terör suçlarında adını geçiren bir grup insanı hedef alır. Son zamanlarda yapılacak olan büyük bir saldırı planlanmaktadır. CIA bu duruma engel olmak için iş adamıyla anlaşmaya karar verir. Küba'ya gideceği ve burada yapacağı anlaşmalarla terör gruplarını kandırması istenir. Tüm canını ortaya koyan adam bunun sonunda belki de öleceğini bilmesine rağmen nükleer saldırıyı engellemek için bunu kabul eder. Belki de hayatı boyunca bulunacağı en heyecanlı ve korkutucu görevlerden birisi olacaktır. Tek yanlışı bütün her şeyi değiştirebilir.